小型舰船作为前期核心战斗力和特定战术执行者，主要分为护卫舰和护航艇两大类。护卫舰以高机动性和针对性功能见长，护航艇则专注于防空或对舰支援。这些舰船虽体型较小，但通过合理搭配与强化，能在中后期依然发挥重要作用，尤其适合资源有限的玩家构建低成本高效舰队。
护卫舰中综合性能突出的型号包括刺水母特种型、雷里亚特鱼雷型和红宝石离子炮型。刺水母特种型凭借能量伤害和策略技能成为泛用性最强的选择，雷里亚特鱼雷型则依靠曲射鱼雷实现稳定输出，红宝石离子炮型作为少数能独立完成夹击战术的护卫舰，在突袭作战中表现优异。澄海级和雷里亚特隐身型作为基础型号，虽然输出略逊但造价低廉，适合前期过渡使用。
护航艇体系以蜂巢守卫者和星云追逐者脉冲炮艇为代表。蜂巢守卫者搭载的脉冲武器能有效克制装甲单位，星云追逐者脉冲炮艇则凭借无视护甲的特性成为对抗大型舰船的利器。这类舰船通常需要配合载机驱逐舰使用，其攻击序列和站位调整直接影响实战效果，建议优先强化命中率与暴击属性。
技术值分配方面，护卫舰应优先强化动力系统的常规速度与曲率速度，确保战场机动性。装甲系统建议选择闪避率与结构值组合，利用小型舰船天然的闪避优势。武器系统加点需根据型号特性调整，离子炮型侧重冷却缩减和命中率，鱼雷型则需要提升单发伤害与暴击概率。护航艇的技术值应集中投入主武器系统，附加系统可适当强化生存能力。
实战部署时需注意小型舰船的编队逻辑。刺水母特种型适合作为突击单位置于前排，红宝石离子炮型应部署在侧翼实施夹击。护航艇编组数量建议控制在舰队总数的30%以内，过度集中会导致被范围武器克制。与中型舰船混编时，小型舰船主要承担干扰和补刀职能，不宜作为主力输出。采矿作业中可配备1-2艘装甲型护卫舰提供基础保护。
资源有限的玩家可优先开发雷里亚特鱼雷型和澄海级这类基础型号，其技术值需求较低且改造路线明确。后期获得高级蓝图后，建议保留至少两队满编小型舰船用于特定场景，如高辐射区作战或快速侦查。所有小型舰船的强度都与指挥官对攻击序列和站位调整的理解深度正相关，需要在实际对抗中不断优化部署方案。
