二周目开始后，咱们会发现自己站在纯白镇家中的二楼，这时候直接出门往上走就能遇到大木博士。他会简单交代几句，然后咱们的宿敌小茂会跳出来选一只克制咱们属性的精灵对战。打赢这场战斗后，记得先去研究所拿图鉴，再到商店拿包裹，这些都是二周目必备的前期准备。这时候往北走会遇到一位老爷爷，他会教咱们捕捉精灵的技巧并送一台电视机，继续往北就能进入常青森林，这里有不少虫系精灵，运气好的话还能遇见皮卡丘。
队伍搭配在二周目特别重要，建议至少准备火系、水系和电系各一只精灵，混合属性的精灵也很实用。等级提升是关键，野外的精灵虽然等级较低但很适合练级。各种药品要备足，特别是好伤药和超级药，这些在关键时刻能救命。记得多保存游戏进度，二周目有很多隐藏剧情和支线任务，随时可能遇到意外情况。
拿到船票后就可以去港口坐船了，船上有很多训练师可以挑战，还能捡到不少好东西。二楼会遇到宿敌再次对战，打赢后别忘了去船长房间拿秘传招式01。华蓝市的超梦洞穴这时候已经开放，最深处有70级的超梦等着咱们去收服。根据初始选择的御三家不同，城都地区的三圣兽之一也会出现在关东地区，这可是二周目独有的稀有精灵。
七岛的训练师塔是二周目的高难度挑战场所，建议做好充分准备再去尝试。名人记录仪的所有隐藏对话都已开放，可以到处收集情报。彩虹市的百货公司能买到很多重要道具，有闲钱的话记得多囤点。紫苑镇的灵塔需要用观测镜才能看见里面的幽灵系精灵，这个道具在解决火箭队事件后才能获得。
对战技巧需要多加练习，二周目的对手都变得更强了。常青森林、地鼠洞窟这些地方很适合反复刷级。别忘了去秋色市找特定NPC拿BattleSearcher，它能帮咱们找到想再次挑战的训练师。自行车兑换券在口袋妖怪俱乐部可以拿到，换成自行车后移动会方便很多。最后随时存档是个好习惯，二周目的惊喜和意外都很多。
