口袋妖怪釉色二周目开启后，玩家将进入全新的冒险阶段。主角自动回到家中，出门后会遇到柳木博士前来祝贺冠军成就，尽管主角选择放弃冠军头衔。随后柳木博士提到大木博士与其学徒克丽丝从成都地区来访，建议主角与他们见面。这一阶段的核心任务是探索新区域、捕捉稀有精灵以及解锁隐藏剧情。
从家中下方的沙滩出发，使用冲浪术前往洛斯利海峡，沿路线一直向下可抵达一个山洞。洞内可获得乘龙蛋，经过一段时间孵化后能得到No.131乘龙。继续前进至狭小海湾，有机会遭遇并捕捉蓝水都（拉帝欧斯）。需红水都（拉帝亚斯）的出现地点是随机的，可能在谷木镇左侧的泉边小径或其他区域。完成捕捉后，建议前往北岸镇复活化石，为队伍补充强力成员。
前往棕树镇上方的层云山，进入山洞后一路探索可抵达融合团研究所。此处将再次遇到梦幻，但无需战斗，对话后梦幻会自动加入队伍。这一环节对后续剧情推进至关重要，建议提前准备好足够的精灵球和恢复道具。二周目还包含大量隐藏任务，例如在特定地点输入关键词触发事件，或通过完成跑腿任务获取稀有道具。
二周目的战斗难度显著提升，对手精灵等级普遍较高。建议优先优化队伍配置，合理分配技能点与天赋点，利用属性相克优势。参与游戏内的竞技场和排行榜挑战，可快速积累经验值并获取奖励道具。探索过程中需留意地形与天气变化，这些因素可能影响战斗结果。
最终阶段需返回水静市向米可利报告任务进展，并可能遭遇挑战者N的拦截。成功击败所有对手后，二周目主线剧情基本完结，但仍有隐藏区域和神兽等待发掘。整个流程强调策略性与探索自由度，玩家可根据自身进度灵活调整目标。
